Quando nel 1489 si decise a trasferirsi definitivamente nei pressi dei Frari , la Scuola Grande di San Rocco decise di erigere una chiesa da dedicare al loro santo titolare. Non si sa chi ne fu l'architetto, ma tradizionalmente è attribuita al Bon. I lavori vennero finiti in tempi rapidi e l'edificio venne inaugurato nel 1494 , anche se la cupola non venne finita prima del 1507. La chiesa era a navata unica con un presbiterio absidato e cupolato affiancato da due cappelle laterali. La facciata era di tipo codussiano , lungo la trabeazione correva l'iscrizione su(m)mo et excelso deo devota, h(a)ec scola pie vivit et sancto rocho hic iacenti eius patrono mcccclxxxxiiii (devota a Dio sommo ed eccelso questa scuola vive piamente e il suo patrono san Rocco qui riposa). Tra 1726 e 1732 la chiesa venne ristrutturata radicalmente su progetto di Giovanni Scalfarotto che vi sostitui il soffitto piatto con una volta interrotta da grandi finestre termali, si conservarono soltanto le vecchie absidi e la cupola. L'inizio dei lavori alla facciata si data invece al 1756, a seguito di un concorso vinto da Giorgio Fossati, il proto della Scuola , ma i lavori si interruppero dopo solo due anni perché il progetto viene ritenuto troppo costoso. Tra il 1756 e il 1769, ignorando quanto già costruito da Fossati, venne eretta l'attuale facciata da Bernardino Maccaruzzi, che aveva vinto un secondo concorso proponendo una soluzione a due livelli che richiama anche nelle finiture la facciata della vicina Scuola Grande, sovraccaricandola però di sculture. Della facciata originale costruita dal Bon si possono vedere ancora il vecchio portale ed il rosone, che aprono l'ingresso laterale. ORGANO (1742) di Pietro Nacchini, rinnovato nel 1768 da Gaetano Callido, con cantoria decorata da statue lignee di Giovanni Marchiori.